Ja, het maakt een verschil. In een conventionele oven (zelfs een met een convectie-ventilator), zal alles wat op het onderste rek wordt geplaatst, minder stralingswarmte van het ovenelement absorberen. Dat betekent langere kooktijden en mogelijk de noodzaak van een hogere temperatuurinstelling.
Als je een recept volgt, kun je het beste het rek gebruiken dat in het recept staat. Als het recept niet specificeert, is het meestal ontworpen voor het middelste rek.
Nu is het gebruik van een ander rek volledig anders dan het feitelijk bakken van één ding bovenop nog iets, op een hoger rek. Dat zal een significant effect hebben op alles wat er onder zit, en als het bijzonder gevoelig is voor de tijd en temperatuur (veel gebakken goederen zijn dat wel), dan zal het zeer waarschijnlijk helemaal mislukken. Ik heb ooit geprobeerd om twee lagen slagroomsoesjes te bakken en die op de bodem waren nog praktisch rauw tegen de tijd dat de bovenkant gaar was. Ik betwijfel of je veel meer succes zult hebben met cakes.
Een convectieventilator kan in dit geval helpen, maar ik denk nog steeds niet dat het voldoende is om de temperatuurgradiënt te compenseren die je zou creëren door een gerecht onder een ander gerecht in dezelfde oven te "verduisteren". Je blokkeert letterlijk de hitte om de onderste schaal te bereiken.